ساختن ورودی ابینیت با استفاده از آوواگادرو

abinit logo

نرم افزار ABINIT یک نرم افزار متن باز بسیار قوی برای انجام محاسبات حالت پایه و برانگیخته روی ملکولها و بلورهاست. این نرم افزار به زبان فرترن نوشته شده است و روی سیستم عامل های مختلف از قبیل لینوکس، مک و ویندوز قابل اجرا می باشد. ابینیت براساس نظریه تابعی چگالی در تقریب شبه پتانسیل با پایه های موج تخت و موجک بوده و قادر به محاسبه کمیاتی مانند انرژی کل، چگالی بار، چگالی حالات و .... می باشد. ABINIT می تواند هندسه یک سیستم را بر اساس تنش ها و نیروهای موجود در DFT بهینه کند. به علاوه، می تواند شبیه سازی های دینامیک ملکولی را با استفاده از این نیروها انجام دهد و یا ماتریس های دینامیکی، بار موثر بورن و تانسورهای دی الکتریک را تولید کند. حالت های برانگیخته در این نرم افزار بوسیله نظریه تابعی چگالی وابسته به زمان و یا نظریه اختلالی بس ذره ای GW انجام می شود. برای ویژوالایز کردن نتایج ابینیت، نرم افزارهای مختلفی وجود دارد از قبیل Xcrysden، Avogadro و ..…‬‬

ادامه مطلب...

آشنایی با طراحی آزمایش

چگونه می توانیم شرایط بهینه را پیدا کنیم؟ کدام ترکیب از فاکتورها به ارائه بهترین فرمولاسیون دارو با کمترین هزینه ممکن و با استفاده از کمترین میزان مصرف ماده اولیه و حداکثر درصد خلوص می انجامد؟ این سوال و دیگر سوالات مرتبط در همه جا در کسب و کار، پژوهش و صنعت رایج هستند. در تحقیق، توسعه و تولید، اغلب نیمی از منابع تجربی موجود برای حل مشکلات بهینه سازی صرف می شوند. با هزینه های روزافزون آزمایش ها، اطلاع از تعداد آزمایش ها جهت پاسخ گویی به این سوالات ضروری است. طراحی آزمایش، DOE برای این منظور استفاده می شود تا اطمینان حاصل شود که آزمایش های انتخاب شده حداکثر مقدار لازم هستند.

ادامه مطلب...

11دلیل برای اجرای محاسبات علمی در محیط لینوکس/یونیکس

برای اکثر ما آشنایی با کامپیوتر به معنی یادگیری یکی از نسخه های سیستم‌عامل ویندوز و یا سلف آن داس بوده است. حتی برای بسیاری از کاربران کهنه ‌کار این ماشین، کامپیوتر معنایی جز ویندوز ندارد. با اینحال ویندوز تنها سیستم‌عامل موجود برای کامپیوترهای شخصی نیست و نه حتی اولین و یا بهترین آن‌ها است. هرچند ویندوز سیستم‌عاملی کاربر‌پسند با امکانات گرافیکی فوق العاده برای مصارف خانگی و اداری است، اما در دنیای محاسبات تجاری و آکادمیک لینوکس/ یونیکس حکمفرمایی می کند. در این مقاله با هدف ترغیب دانشجویان و اساتید علوم محاسباتی به یادگیری لینوکس/ یونیکس تعدادی از دلایل برتری این پلتفرم نسبت به ویندوز برای انجام محاسبات علمی ذکر شده است.

ادامه مطلب...

خطاهای گوسین و روش رفع آنها

گوسین (Gaussian) یکی از پرکاربردترین و کاربرپسندترین نرم‌افزارهای محاسبات کوانتومی است. ساده بودن قالب فایل ورودی و تعیین خودکار بسیاری از پارامترها در این نرم‌افزار سبب شده است که گوسین (Gaussian) گزینه اول پژوهشگرانی باشد که تخصص اصلی آن‌ها روش های محاسباتی نیست. بااین‌حال استفاده از گوسین (Gaussian) به راحتی درست کردن آبگوشت نیست که فقط لازم باشد مواد اولیه را در دیگ بریزیم. انجام محاسبه با این نرم‌افزار اغلب با خطاهایی همراه است که کاربر باید برای رفع آن‌ها چاره اندیشی کند. دشواری استفاده از گوسین (Gaussian) با بروز این خطاها آشکار می‌شود. متن پیام های خطا بسیار خلاصه و اطلاعاتی که پیام های خطا درباره منشاء خطا به کاربر می‌دهد بسیار اندک است.

هر چند تعداد خطاهای گوسین (Gaussian) بسیار زیاد است ولی در این متن سعی شده است تا تعدادی از متداولترین خطاها و روش رفع آن‌ها ارائه شود. لازم به ذکر است که این نوشته یک متن بسته نیست. بنابراین درصورتی‌که با خطاهای خارج از این متن برخورد کرده‌اید می توانید در قسمت دیدگاه ها آن را بیان کنید تا به متن مقاله اضافه شود.

ادامه مطلب...

ریستارت کردن محاسبات در گوسین

مکانیک کوانتوم توانایی بسیار بالایی برای پیش‌بینی خواص ساختارهای مولکولی دارد بااین‌حال استفاده از مکانیک کوانتوم برای حل مسائل نیازمند انجام محاسبات پیچیده و پرهزینه‌ است. حجم این محاسبات با افزایش تعداد الکترون‌ها و بزرگ‌تر شدن مجموعه توابع پایه مورداستفاده به‌سرعت و به‌صورت نمایی افزایش می‌یابد. یک محاسبه ساختار الکترونی بر روی ترکیبی با تعداد زیادی اتم ممکن است تا چندین ماه طول بکشد. در طول این مدت به دلایل مختلف ممکن است محاسبه به‌صورت ناتمام قطع شود. چنین حالتی بسیار درد آورد خواهد بود اگر کاربر مجبور باشد چنین محاسبه ای را از ابتدا شروع کند. خوشبختانه در اکثر نرم‌افزارهای محاسباتی تسهیلاتی برای ریستارت کردن محاسبات وجود دارد. با توجه به پرسش‌های بسیاری که درباره ریستارت کردن نرم‌افزار محاسباتی گوسین از من پرسیده شده، تصمیم گرفتم تا در این مقاله به‌صورت اختصاصی به این موضوع بپردازم.

ادامه مطلب...