نرم‌افزار NAMD یک برنامه دینامیک‌مولکولی موازی است که به منظور شبیه‌سازی با کارایی بالا در سیستمهای بیومولکولی بزرگ طراحی شده است. این نرم‌افزار دینامیک مولکولی، برای تنظیم شبیه سازی و آنالیز ترژکتوری ها از برنامه گرافیک مولکولی معروف VMD که به طور کامل با NAMD سازگار است، استفاده می کند.
شبیه‌سازی دینامیک مولکولی، ترژکتوری‌های اتمی را با حل معادلات حرکت عددی بوسیله فورس‌فیلدهای تجربی مانند CHARMM که تقریبی از نیروهای واقعی در سیستمهای بیوپلیمر است، محاسبه می کند. نرم افزار NAMD علاوه بر فورس‌فیلد CHARMM با فورس فیلدهای AMBER و X-PLOR نیز سازگار است.
این کارگاه شامل معرفی و آموزش قابلیت های NAMD و VMD، نحوه استفاده از این قابلیت ها، معرفی فایل های ورودی و فرمت های لازم، آشنایی کامل و پایه ای با این فرمت ها و نحوه اجرای برنامه در دستگاههای موازی است. علاوه بر آن مفاهیم پایه‌ای دینامیک مولکولی نیز به صورت مختصر و مفید آموزش داده می‌شود.

سرفصل مطالب:

    • مقدماتی درباره دینامیک مولکولی کلاسیک 

      • آشنایی با مفاهیم بنیادی دینامیک مولکولی مانند: مفهوم انرژی پتانسیل Forcefield در دینامیک مولکولی، توابع حرکت
      • آشنایی با مفاهیم پایه ای آنسامبل، فضای فاز و ترژکتوری، انواع حرکت ها، برهمکنش هایNon-bonded ، cut-off، switching functions، Timestep و ...
      • آشنایی با مفهموم حلالیت و Periodic boundary conditions
      • آشنایی با پروتکل کلی شبیه سازی دینامیک مولکولی (MDS)
    • ارائه یک نمای کلی از NAMD

      • آشنایی با فهرستی از اصول اولیه برای شروع کار
      • توصیف فایل فرمت های NAMD مانند: NAMD ,CHARM ,PSF ,PDB و...
      • نحوه استخراج فایل pdb و معرفی سایت rcsb PDB
    • آشنایی با نرم افزار VMD

      • نصب و معرفی نرم افزار VMD
      • آموزش قسمت گرافیکی VMD
      • آموزش و آشنایی با مبانی اسکریپت TCl
    • پیش پردازش شبیه سازی یک ساختار تجربی قسمت اول

      • انتخاب یک سیستم اولیه از بانک اطلاعات پروتئین
      • بررسی و اصلاح انواع فقدان ها ومشکلات احتمالی در ساختار کریستالوگرافی هدف مانند انواع missing ها، پیوندهای دی سولفید، altloc و...
      • آشنایی با انواع روشهای هیدروژن دار کردن پروتئین و protonation state
      • فرایند اضافه کردن هیدروژن به سیستم با استفاده از Reduce
      • آشنایی با Psfgen و چگونگی تولید فایل PSF
    • پیش‌پردازش شبیه‌سازی یک نمونه ساختار تجربی قسمت دوم

      • آشنایی با فایل های توپولوژی و پارامتر فورس فیلد CHARM
      • آشنایی با فایلNAMD configuration
      • آشنایی با انواع فاز برای شبیه سازی
      • مراحل اضافه کردن آب در BOX شبیه سازی
      • Neutralize کردن سیستم یا اضافه کردن قدرت یونی
    • مینیمم‌سازی انرژی و شبیه‌سازی دینامیک مولکولی

      • آماده سازی فایل ورودی برای minimization و شبیه سازی
      • اجرای minimization روی ساختار تولید شده نهایی و هدف از انجام آن
      • آماده سازی فایل ورودی و اجرای مرحله production
      • تفسیر و آشنایی با ساختار فایل های خروجی NAMD
    • تفسیر و آنالیز فایل های خروجی

      • ایجاد یک ترژکتوری واحد با استفاده از تمامی شبیه سازی های موازی NAMD
      • آشنایی با دستور aligned
      • آشنایی با نحوه آنالیز نتایج شبیه سازی و بدست آوردن شاخص های مختلف و رسم نمودار
      • تجزیه و تحلیل داده ها در VMD

زمان‌بندی کارگاه:

تاریخ برگزاری:  ۶ تا ۱۸ اسفند ۱۳۹۷

تعداد جلسات: ۷ جلسه

مهلت ثبت نام:  ۵ اسفند ١٣٩۷

ساعت رفع اشکال: ۹:۰۰ تا ۱۰:۰۰ شب

نحوه برگزای کلاس:

مطالب ارائه شده در کلاس‌‌‌های مجازی همان مطالبی است که در کلاس‌‌های حضوری ارائه می‌شود با این تفاوت که دانشجو به جای حضور در کلاس وارد سایت نیکوپردازش شده و مطالب آموزشی را با استفاده از یک دستگاه متصل به اینترنت ( کامپیوتر، تبلت و یا حتی تلفن هوشمند) دریافت می‌کند. کارگاه‌های آموزشی نیکوپردازش از دو بخش محتوی آموزشی و رفع اشکال تشکیل شده است. محتوی آموزشی هر جلسه شامل فیلم، اسلاید، فایل صوتی، متن و ... است که  به صورت آنلاین در دسترس دانشجویان قرار می‌گیرد و محدود به ساعت خاصی از شبانه‌روز نیست. این مطالب از زمان بارگزاری تا یک هفته پس از پایان دوره قابل دسترسی‌اند و محدودیتی برای دفعات مشاهده وجود ندارد. در هر جلسه همراه با فیلم‌های آموزشی فعالیت‌‌‌هایی مانند کوئیز و تمرینات عملی برای دانشجویان در نظر گرفته شده است، همچنین دانشجویان امکان طرح سوال از استاد و یا بحث و تبادل نظر با سایر دانشجویان را دارند.

بخش رفع اشکال در ساعتی مشخص (اوایل شب) برگزار خواهد شد که در این ساعت دانشجویان با استاد کارگاه در تماس بوده و سوالات و مشکلات خود را مطرح می‌کنند. هر جلسه از کارگاه در حدود یک ساعت و نیم محتوی آموزشی و یک ساعت رفع اشکال دارد.

هزینه شرکت در کارگاه:

۲۱۰ هزار تومان برای دانشجویان - ۲۸۰ هزار تومان سایر اشخاص

تخفیف برای ثبت‌نام همزمان: در صورت ثبت‌نام همزمان در  چند کارگاه در یک فصل (تعداد دوره منهی یک × ۱۰)٪ تخقیف  تا سقف ۳۰٪  از کل هزینه کسر خواهد شد.

تخفیف برای ثبت‌نام گروهی: در صورت معرفی دوستان و ثبت‌نام گروهی در یک کارگاه (تعداد نفرات × ۵) ٪ تخقیف تا سقف ۳۰٪ به هر یک از افراد تعلق خواهد گرفت.

مراحل ثبت نام:

یک: عضو سایت شوید (کمتر از یک دقیقه).

دو: هزینه کارگاه را به شماره حساب سیبا ۰۳۰۷۷۵۰۵۳۸۰۰۱ و یا شماره کارت: ۵۲۰۶-۸۲۹۹-۹۹۱۸-۶۰۳۷ به نام حسین حجی آبادی واریز کنید.

سه: عکس رسید بانکی را با استفاده از تلگرام به شماره ۰۹۱۲۴۶۸۳۳۸۹ و یا به آدرس این آدرس ایمیل توسط spambots حفاظت می شود. برای دیدن شما نیاز به جاوا اسکریپت دارید ارسال کنید.

ملاحظات:

    • ظرفیت دوره محدود است و اولویت با کسانی است که زودتر ثبت‌نام کنند.

    • برای استفاده از تخفیف دانشجویی، تصویر کارت دانشجویی خود را به همراه رسید بانکی ارسال نمایند.

    • آشنایی با سیستم‌عامل لینوکس و به خصوص محیط متنی آن برای شرکت در این دوره ضروری است. در صورتی که با این سیستم‌عامل آشنایی ندارید، توصیه می‌شود در دوره لینوکس و یونیکس نیز ثبت نام کنید.

    • نصب گرومکس در سیستم‌عامل لینوکس در این دوره آموزش داده خواهد شد و شرکت کنندگاه قبل از شروع دوره باید لینوکس centos 7 را روی رایانه خود نصب کنند.

    • برای اطلاعات بیشتر درباره کارگاه‌های مجازی این صفحه را ملاحضه فرمائید.