خطاهای گوسین و روش رفع آنها

توضیحات

منتشر شده در پنج شنبه, 09 دی 1395 16:06

نوشته شده توسط حسین حجی آبادی

بازدید: 72052

گوسین (Gaussian) یکی از پرکاربردترین و کاربرپسندترین نرم‌افزارهای محاسبات کوانتومی است. ساده بودن قالب فایل ورودی و تعیین خودکار بسیاری از پارامترها در این نرم‌افزار سبب شده است که گوسین (Gaussian) گزینه اول پژوهشگرانی باشد که تخصص اصلی آن‌ها روش های محاسباتی نیست. بااین‌حال استفاده از گوسین (Gaussian) به راحتی درست کردن آبگوشت نیست که فقط لازم باشد مواد اولیه را در دیگ بریزیم. انجام محاسبه با این نرم‌افزار اغلب با خطاهایی همراه است که کاربر باید برای رفع آن‌ها چاره اندیشی کند. دشواری استفاده از گوسین (Gaussian) با بروز این خطاها آشکار می‌شود. متن پیام های خطا بسیار خلاصه و اطلاعاتی که پیام های خطا درباره منشاء خطا به کاربر می‌دهد بسیار اندک است.

هر چند تعداد خطاهای گوسین (Gaussian) بسیار زیاد است ولی در این متن سعی شده است تا تعدادی از متداولترین خطاها و روش رفع آن‌ها ارائه شود. لازم به ذکر است که این نوشته یک متن بسته نیست. بنابراین درصورتی‌که با خطاهای خارج از این متن برخورد کرده‌اید می توانید در قسمت دیدگاه ها آن را بیان کنید تا به متن مقاله اضافه شود.

محاسبه بدون خطای گوسین (Gaussian)

قبل از معرفی خطاهای نرم‌افزار لازم است تا با خروجی بدون خطای گوسین (Gaussian) آشنا شویم. یک محاسبه گوسین (Gaussian) در صورتی بدون خطا است که عبارت زیر در انتهای فایل خروجی باشد.

Normal termination of Gaussian 09

به‌عنوان مثال فایل خروجی نرمال یک محاسبه Gaussian 09 به‌صورت زیر است:

Job cpu time:       0 days  0 hours  0 minutes  6.9 seconds.
 File lengths (MBytes):  RWF=      5 Int=      0 D2E=      0 Chk=      1 Scr=      1
 Normal termination of Gaussian 09 at Fri Dec 30 12:39:11 2016.

در انتهای این فایل عبارت ذکر شده در بالا به همراه تاریخ پایان محاسبه آورده شده است.

فهرست خطاها

1. Severe Error Message # 2070
2. Error: segmentation violation
3. Error termination request processed by link 9999.
4. QPErr --- A syntax error was detected in the input line.
5. QPErr --- An ambiguous keyword was detected.
6. ntrex1: Bad file descriptor
7. Erroneous Write
8. Atomic number out of range
9. Convergence failure -- run terminated
10. angle Alpha is outside the valid range of 0 to 180
11. End of file reading connectivity.
12. Error in internal coordinate system.
13. Linear angle in Tors.
14. Charge and multiplicity card seems defective
15. End of file reading basis center.
16. Operation on file out of range
17. End of file in GetChg.
18. Symbol XXX not found in Z-matrix
19. Problem with the distance matrix.
20. End of file in ZSymb.
21. Linear search skipped for unknown reason
22. Out-of-memory error in routine
23. PGFIO/stdio: No such file or directory

خطای 2070 گوسین (Gaussian).

Severe Error Message # 2070

خطای 2070 شایع‌ترین خطایی که کاربران گوسین (Gaussian) در محیط ویندوز با آن مواجه می‌شوند. این عبارت اشاره به علت خاصی ندارد و به هر علتی که محاسبه گوسین (Gaussian) در محیط ویندوز متوقف شود این خطا ظاهر می‌شود. درواقع برای جستجوی علت اصلی خطا باید فایل خروجی محاسبه را بررسی کرد.

خطای نقض تقسیم‌بندی در محیط لینوکس

Error: segmentation violation

این خطا مشابه خطای 2070 در محیط ویندوز است که اشاره به علت خاصی ندارد. به‌صورت مشابه برای جستجوی علت اصلی خطا فایل خروجی باید بررسی شود.

خطای لینک 9999

Error termination request processed by link 9999.

معنی این خطا این است که گوسین (Gaussian) محاسبه را بدون رسیدن به جواب موردنظر تمام کرده است و بیشتر زمانی رخ می‌دهد که یک محاسبه بهینه‌سازی ساختار همگرا نشده باشد. این خطا معمولاً به‌صورت زیر در فایل خروجی ظاهر می‌شود.

 Error termination request processed by link 9999.
 Error termination via Lnk1e in /apps/g09/l9999.exe at Thu Jan  5 12:39:02 2017.
 Job cpu time:       0 days  2 hours 23 minutes 12.0 seconds.
 File lengths (MBytes):  RWF=     29 Int=      0 D2E=      0 Chk=      6 Scr=      1

رفع خطا:

برای رفع این خطا باید به روشی به نرم‌افزار کمک کرد تا از پس همگرا کردن محاسبه برآید. برای این کار موارد زیر پیشنهاد می‌شود.

• افزایش تعداد سیکل‌های بهینه‌سازی: در بعضی از موارد تعداد سیکل‌های پیش‌فرض برای بهینه‌سازی ساختار کافی نیست و به همین علت قبل از اینکه محاسبه همگرا شود، گوسین (Gaussian) محاسبه را تمام می‌کند. در این صورت می‌توانید تعداد سیکل‌ها را با استفاده از کلمه کلیدی (opt(maxcycle=n افزایش داده و محاسبه را دوباره تکرار کنید. درصورتی‌که محاسبه شما سنگین است توصیه می‌شود که محاسبه را با تعداد سیکل بیشتر ریستارت کنید. لازم به ذکر است که در بسیاری از موارد خطا، بهینه‌سازی در جهت درستی پیش نرفته است و افزایش تعداد سیکل‌ها کمکی به حل مشکل نمی‌کند

• بهینه‌سازی همراه با محاسبه نیرو: در بسیاری از موارد بهینه‌سازی همراه با محاسبه نیرو به حل مشکل کمک می‌کند. برای این کار محاسبه را همراه با کلمه کلیدی opt=CalcFC انجام دهید.

• تغییر الگوریتم بهینه‌سازی: الگوریتم پیش‌فرض گوسین (Gaussian) برای بهینه‌سازی GEDIIS است. در بعضی از موارد استفاده از الگوریتم eigenvalue-following به حل مشکل کمک خواهد کرد. برای استفاده از این الگوریتم از کلمه کلیدی opt=EF استفاده کنید.

• استفاده از ساختار اولیه مناسب‌تر: در بسیاری از موارد خطای لینک 9999 به علت نامناسب بودن ساختار اولیه ترکیب رخ می‌دهد. همان‌طور که در مقاله قبلی بیان‌شده است هرچه ساختار اولیه دقیق‌تر باشد بهینه‌سازی ساختار سریع‌تر انجام خواهد شد. بهتر است قبل از انجام محاسبه ساختار ورودی را به چشم یک شیمیدان نگاه کرده و خطاهای احتمالی آن را رفع کنید. همچنین می‌توانید قبل از انجام محاسبه اصلی ساختار را در یک یا چند سطح سبک‌تر بهینه کنید (محاسبه چندمرحله‌ای با استفاده از --link1--).

   

غلط املایی در فایل ورودی

QPErr --- A syntax error was detected in the input line.

QPErr --- An ambiguous keyword was detected.

در بسیار از موارد خطای ایجادشده محصول غلط نوشتن کلمات کلیدی‌ فایل ورودی است. عبارات بالا نشانه وجود غلط املایی در ورودی است. همچنین عبارت نادرست معمولاً در خط بعدی مشخص می‌شود. به‌عنوان نمونه به علامت زیر عبارت btlyp توجه کنید. ( عبارت درست b3lyp است)

QPErr --- A syntax error was detected in the input line.
 # btlyp/3-21g geom=connectivity opt
    '
 Last state= "GCL"
 TCursr=      3523 LCursr=         2
 Error termination via Lnk1e in /apps/g09/l1.exe at Fri Dec 30 13:11:33 2016.
 Job cpu time:       0 days  0 hours  0 minutes  0.1 seconds.
 File lengths (MBytes):  RWF=      5 Int=      0 D2E=      0 Chk=      1 Scr=      1

رفع خطا:

عبارتی که زیر آن علامت ' قرار داده شده را اصلاح کنید.

استفاده از آدرس به سبک ویندوز در فایل ورودی گوسین لینوکس

ntrex1: Bad file descriptor

فایل ورودی گوسین (Gaussian) برای ورژن لینوکس و ویندوز یکسان است بااین‌حال برای آدرس دادن به فایل‌هایی مانند فایل chk نباید از شیوه آدرس‌دهی در ویندوز استفاده است. به این نکته توجه کنید که گوس ویو ویندوز آدرس فایل chk را به سبک ویندوز وارد می‌کند. بنابراین اگر فایل‌های ورودی خود را در محیط ویندوز ساخته‌اید احتمالاً باید آدرس فایل chk را عوض کنید.

رفع خطا:

آدرس فایل chk را از جلوی نام فایل بردارید و یا به یک پوشه در سیستم فایل لینوکس آدرس‌دهی کنید. به‌عنوان‌مثال:

%chk=C:\Users\Hossein\Desktop\FileName.chk

را با عبارت زیر عوض کنید

%chk=FileName.chk

و یا

%chk=/home/username/Templates/fileName.chk

نکته: درصورتی‌که فقط از نام فایل استفاده کنید. فایل چک در همان پوشه ذخیره خواهد شد که محاسبه انجام می‌شود.

خطا در نوشتن داده‌ها

Erroneous Write

این خطا معمولاً هنگامی رخ می‌دهد که دیسک پر شده است و یا شما محدودیتی برای نوشتن اطلاعات در فایل ورودی تعیین کرده‌اید. در این حالت نرم‌افزار توانایی نوشتن اطلاعات روی آن را ندارد و با خطاهایی مانند نمونه‌های زیر مواجه خواهید شد.

Erroneous write. write 122880 instead of 4239360.
fd = 3
Erroneous write. write 122880 instead of 4239360.
fd = 3
writwa
writwa: File exists

و یا

Erroneous write. write -1 instead of 3648000.
fd = 4
writwa
writwa: No space left on device

و یا

Erroneous write during file extend. write -1 instead of 8192
Probably out of disk space.
Write error in NtrExt1

رفع خطا:

درصورتی‌که با استفاده از کلمه کلیدی %RWF محدودیتی برای حجم فایل‌های اسکرچ تعیین کرده‌اید آن را بردارید در غیر این صورت حجم دیسک خود را چک کنید. درصورتی‌که دیسک پرشده است فایل‌های اضافی را پاک‌کنید. ممکن است محاسبه شما بزرگ‌تر از آن باشد که روی سخت‌افزار شما قابل‌اجرا باشد. در این صورت مجبورید از یک تابع پایه کوچک‌تر استفاده کنید.

نکته: گاهی اوقات بنا به دلایلی گوسین (Gaussian) فایل‌های اسکرچ محاسبات قبلی را پاک نمی‌کند که باعث پرشدن دیسک می‌شود. در صورت پر شدن دیسک ابتدا پوشه فایل‌های اسکرچ را چک کرده و فایل‌های محاسبات قبلی را پاک‌کنید.

عدم‌ تشخیص نشانه اتم

Atomic number out of range for xxx basis set

این خطا هنگامی رخ می‌دهد که نشانه یک یا چند اتم فایل ورودی با هیچ‌یک از عناصر تعریف‌شده در تابع پایه همخوانی ندارد. خطای عدم‌تشخیص نشانه معمولاً در انتهای فایل خروجی به‌صورت زیر ظاهر می‌شود.

Atomic number out of range for 6-31G basis set.
Error termination via Lnk1e in C:\G09W\l301.exe at Sun Dec 18 11:40:02 2016.
Job cpu time: 0 days 0 hours 0 minutes 0.0 seconds.
File lengths (MBytes): RWF= 5 Int= 0 D2E= 0 Chk= 1 Scr= 1

رفع خطا:

فایل ورودی را چک کرده و نشانه اتمی صحیح را وارد کنید.

خطای ناتوانی در همگرایی

Convergence failure -- run terminated

این خطا هنگامی رخ می‌دهد که گوسین (Gaussian) قادر به همگرا کردن میدان خودسازگار (SCF) نباشد و معمولاً به‌صورت زیر ظاهر می‌شود.

>>>>>>>>>> Convergence criterion not met.
SCF Done: E(RHF) = -2131.95693715 A.U. after 257 cycles
Convg = 0.8831D-03 -V/T = 2.0048
S**2 = 0.0000
Convergence failure -- run terminated.
Error termination via Lnk1e in /disc30/g98/l502.exe.
Job cpu time: 0 days 0 hours 5 minutes 0.5 seconds.
File lengths (MBytes): RWF= 15 Int= 0 D2E= 0 Chk= 8 Scr= 1

و یا

>>>>>>>>>> Convergence criterion not met.
SCF Done: E(UHF) = -918.564956094 A.U. after 65 cycles
Convg = 0.4502D-04 -V/T = 2.0002
S**2 = 0.8616
Annihilation of the first spin contaminant:
S**2 before annihilation 0.8616, after 0.7531
Convergence failure -- run terminated.
Error termination via Lnk1e in /disc30/g98/l502.exe.
Job cpu time: 0 days 0 hours 3 minutes 56.2 seconds.
File lengths (MBytes): RWF= 11 Int= 0 D2E= 0 Chk= 8 Scr= 1

رفع خطا:

در بسیاری از موارد این خطا هنگامی رخ می‌دهد که اوربیتال‌های مولکولی به‌درستی حدس زده نشده‌اند. در این صورت موارد زیر می‌تواند راهگشا باشد:

- از کلمه کلیدی SCF=QC و یا SCF=XQC استفاده کنید. این کلمه کلیدی به برنامه می‌گوید که از یک همگرا کننده دیگر برای انجام محاسبه استفاده کند.

- ابتدا ساختار موردنظر را در یک سطح پایین مانند STO-3G همگرا کنید و سپس با استفاده از کلمه کلیدی guess=read از اوربیتال‌های مولکولی مرحله قبل به‌عنوان حدس اولیه استفاده کنید.

درصورتی‌که محاسبه در اولین مرحله بهینه‌سازی خطا می‌دهد به‌احتمال‌زیاد ساختار مولکولی نامتناسب باعث بروز این خطا شده است که در این مورد باید ساختار اولیه را اصلاح کنید. درصورتی‌که بعد از چندین سیکل این خطا ظاهر شود احتمال دارد بهینه‌سازی ساختار در جهتی نامناسب پیش رفته باشد. در این صورت از ساختار یکی مانده به آخر و یا چند مرحله قبل‌تر برای ساخت یک فایل ورودی جدید استفاده کنید و دوباره محاسبه را انجام دهید.

زاویه خارج از محدوده درست

angle Alpha is outside the valid range of 0 to 180

این خطا هنگامی رخ می‌دهد که حین بهینه‌سازی ساختار یک زاویه z-matrix از محدوده مجاز 0-180 درجه خارج شود. درواقع این خطا مربوط به تغییرات بیش‌ازحد در هنگام بهینه‌سازی ساختار است و معمولاً با عبارات زیر در انتهای فایل خروجی مشخص می‌شود.

Error termination via Lnk1e in /disc30/g98/l716.exe.

و همچنین کمی بالاتر از این عبارت:

Error on Z-matrix card number 9
angle Alpha is outside the valid range of 0 to 180.
Conversion from Z-matrix to cartesian coordinates failed:

رفع خطا:

برای رفع این خطا باید z-matrix را دوباره تعریف کنید و یا از یک سیستم مختصات دیگر استفاده کنید.

خطا در خواندن اتصالات بین مولکولی

End of file reading connectivity.

فایل ورودی نرم افزار گوسین از روش های مختلفی برای ذخیره ساختارهای مولکولی استفاده می‌کند. یکی از این روش ها مشخص کردن اتصالات بین مولکولی است. اگر ساختار مولکول را با استفاده از نرم‌افزار گوس‌ویو بسازید، اعداد مربوط به اتصالات بین مولکولی را در قسمت انتهایی فایل ورودی و عبارت geom=connectivity را در خط دستور مشاهده خواهید کرد. در صورتی که کلمه کلیدی geom=connectivity در خط دستور وجود داشته باشد ولی پارامترهای آن از انتهای فایل ورودی پاک شده باشد، خطایی مشابه عبارت زیر در انتهای فایل خروجی ظاهر خواهد شد.

End of file reading connectivity.
Error termination via Lnk1e in C:\G09W\l101.exe at Wed Dec 28 19:19:38 2016.
Job cpu time: 0 days 0 hours 0 minutes 0.0 seconds.
File lengths (MBytes): RWF= 5 Int= 0 D2E= 0 Chk= 1 Scr= 1

رفع خطا:

کلمه کلیدی geom=connectivity را از خط دستور پاک کنید.

خطا در سیستم مختصات درونی

Error in internal coordinate system.

Linear angle in Tors.

گوسین (Gaussian) برای بهینه‌سازی از مختصات درونی استفاده می‌کند. به این معنی که ساختار ترکیب به هر صورتی که به نرم‌افزار داده شود. ابتدا آن را به مختصات درونی تبدیل کرده و سپس بهینه‌سازی را انجام می‌دهد. در بعضی موارد به‌خصوص در مورد ترکیبات مسطح نرم‌افزار مختصات درونی را به‌درستی انتخاب‌ نمی‌کند و خطایی مشابه خطای زیر در انتهای فایل خروجی آشکار می‌شود.

Berny optimization.
NTrRot= -1 NTRed= 730 NAtoms= 126 NSkip= 358 IsLin=F
Error in internal coordinate system.
Error termination via Lnk1e in /apps/g98/l103.exe at Sat May 22 12:05:45 2016.

و یا:

 Berny optimization.
 Using GEDIIS/GDIIS optimizer.
 Linear angle in Tors.
 Error termination via Lnk1e in /apps/g09/l103.exe at Thu Jan  5 11:42:05 2017.
 Job cpu time:       0 days  0 hours 20 minutes 58.5 seconds.
 File lengths (MBytes):  RWF=     34 Int=      0 D2E=      0 Chk=      6 Scr=      1

رفع خطا:

برای رفع این خطا ابتدا ساختار ورودی را چک کنید اگر ساختار ترکیب صحیح بود اندکی تغییر در ساختار ایجاد کنید. به‌عنوان‌مثال دای هدرال های برابر با صفر یا 180 را کمی از حالت مسطح خارج کنید. اگر بازهم با خطای فوق مواجه شدید از کلمه کلیدی opt=Cartesian استفاده کنید.

در صورتی به دنبال یک حالت گذار اید و از روش QST2 استفاده می‌کنید، به‌جای آن از QST3 استفاده کنید.

معیوب بودن بار و چندگانگی

Charge and multiplicity card seems defective

این خطا هنگامی رخ می‌دهد که نرم‌افزار نتواند بار و چندگانگی را در فایل ورودی پیدا کند و خطایی مشابه عبارات زیر ظاهر می‌شود.

Z-Matrix taken from the checkpoint file:
oxalate_2-_Aq1_C2.chk
Charge and multiplicity card seems defective:
Charge is bogus.
WANTED AN INTEGER AS INPUT.
FOUND A STRING AS INPUT.
CX = 0.7995

Error termination via Lnk1e in /disc30/g98/l101.exe.

قالب ورودی گوسین (Gaussian) به ترتیب خط‌های فایل ورودی بسیار حساس است. این خطا معمولاً هنگامی ظاهر می‌شود که کاربر خط مربوط به title محاسبه را در فایل قرار نمی‌دهد بنابراین بار و چندگانگی به‌عنوان title در نظر گرفته‌شده و گوسین در خط بعدی به دنبال این مقادیر می‌گردد و درنتیجه محاسبه با خطا مواجه می‌شود.

رفع خطا:

دقت کنید که بار و چندگانگی سیستم یک خط پس از خط title قرار گرفته باشد. در صورت عدم وجود title آن را به فایل ورودی اضافه کنید.

خطا در خواندن مجموعه پایه

End of file reading basis center.

گوسین بسیاری از توابع پایه را درون کتابخانه خود ذخیره کرده است که برای استفاده از آن‌ها باید از کلمه کلیدی مربوط به آن تابع استفاده کرد ( به‌عنوان‌مثال: sto-3g) علاوه بر این کاربر می‌تواند با استفاده از کلمه کلیدی gen خودش مقدار یک تابع پایه را به صورت دستی وارد کند. درصورتی‌که کاربر از این کلمه کلیدی استفاده کند ولی پارامترهای تابع پایه را مشخص نکند خطایی مشابه عبارات زیر ظاهر خواهد شد.

End of file reading basis center.
Error termination via Lnk1e in /apps/g09/l301.exe.
Job cpu time: 0 days 0 hours 0 minutes 0.9 seconds.
File lengths (MBytes): RWF= 11 Int= 0 D2E= 0 Chk= 10 Scr= 1

رفع خطا:

برای رفع این خطا باید پارامترهای تابع پایه را به نرم‌افزار بدهید و یا کلمه کلیدی gen را حذف کرده و از یکی از توابع پایه داخلی گوسین استفاده کنید.

خطا در دسترسی به فایل

Operation on file out of range

این خطا هنگامی رخ می‌دهد که قصد دارید اطلاعاتی را از فایل check point استخراج‌کنید ( با استفاده از کلمات کلیدی opt=readFC/restart یا guess=read یا geom=check/allcheck/modefiy) ولی این اطلاعات بنا به دلایلی در فایل وجود ندارد. ممکن است شما محاسبه‌ای که اطلاعات موردنظر را ایجاد می‌کند را در مرحله قبل انجام نداده باشید و یا اینکه این اطلاعات به علت تمام شدن حجم دیسک، زمان محاسبه و یا قطع برق روی فایل ذخیره نشده باشند. در این حالت شما در انتهای فایل با خطای زیر مواجه خواهید شد:

Error termination in NtrErr:
NtrErr Called from FileIO.

و کمی بالاتر:

Operation on file out of range.
FileIO: IOper= 2 IFilNo(1)=-19999 Len= 1829888 IPos= -900525056 Q= 4352094416
dumping /fiocom/, unit = 1 NFiles = 109 SizExt = 524288 WInBlk = 1024
defal = T LstWrd = 7437256704 FType=2 FMxFil=10000

رفع خطا:

ابتدا چک کنید که اسم و آدرس فایل check point با همان عبارات در فایل محاسبه قبل یکسان باشد. در صورت حل نشدن مشکل کلمات کلیدی مربوط به بازیابی اطلاعات را از فایل ورودی پاک‌کنید. متأسفانه اطلاعات موردنظر شما قابل بازیابی نیستند و باید دوباره آن‌ها را محاسبه کنید.

خطا در خواندن بار سیستم

End of file in GetChg.

کاربر باید بار و چندگانگی سیستم را در فایل ورودی گوسین در یک خط مجزا پس از عنوان محاسبه مشخص کنید. در صورت عدم وجود بار و چندگانگی در فایل ورودی خطایی مشابه عبارات زیر ظاهر خواهد شد.

Symbolic Z-matrix:
End of file in GetChg.
Error termination via Lnk1e in /apps/g09/l101.exe.
Job cpu time: 0 days 0 hours 0 minutes 0.5 seconds.
File lengths (MBytes): RWF= 6 Int= 0 D2E= 0 Chk= 11 Scr= 1

رفع خطا:

بار و چندگانگی سیستم را در فایل ورودی قرار دهید. (برای آشنایی با محل قرارگیری بار و چندگانگی این مقاله را مطالعه کنید.) در صورتی که می‌خواهید مقادیر بار و چندگانگی از فایل check مرحله قبل خوانده شود. به‌جای عبارت geom=check از عبارت geom=allcheck استفاده کنید.

عدم وجود نشانه اتم در Z-matrix

Symbol XXX not found in Z-matrix

این خطا هنگامی رخ می‌دهد که شما در فایل ورودی به متغیری (طول پیوند، زاویه و یا زاویه دایهدرال) اشاره‌کرده‌اید که در z-matrix ساختار وجود ندارد. به‌عنوان‌مثال در مورد زیر متغیر D3 در z-matrix وجود ندارد.

Symbol "D3" not found in Z-matrix.
Error termination via Lnk1e in /usr/local/chem/g09/l101.exe at Fri Dec 23 20:36:16 2016.
Job cpu time: 0 days 0 hours 0 minutes 0.0 seconds.
File lengths (MBytes): RWF= 5 Int= 0 D2E= 0 Chk= 1 Scr= 1

رفع خطا:

در صورت وجود خطای تایپی نام متغیر را اصلاح کنید. درصورتی‌که متغیر موردنظر در z-matrix وجود ندارد آن را حذف کرده و یا به z-matrix اضافه کنید.

مشکل در ماتریس فاصله

Problem with the distance matrix.

این خطا معمولاً هنگامی رخ می‌دهد که دو یا چند اتم در فایل ورودی فاصله بسیار کمی با یکدیگر داشته باشند و به‌صورت زیر ظاهر می‌شود.

Problem with the distance matrix.
Error termination via Lnk1e in /disc30/g98/l202.exe.
Job cpu time: 0 days 9 hours 11 minutes 14.3 seconds.
File lengths (MBytes): RWF= 634 Int= 0 D2E= 0 Chk= 10 Scr= 1

رفع خطا:

ساختار ورودی را به‌صورت گرافیکی چک کنید. درصورتی‌که اتم‌هایی بافاصله بسیار کم وجود دارند، کمی آن‌ها را از هم دور کنید.

خطا در پیدا کردن z-matrix

End of file in ZSymb.

این خطا هنگامی رخ می‌دهد که گوسین قادر به پیدا کردن فایل مختصات ورودی نیست. احتمالاً شما قصد دارید مختصات را از فایل check point بازیابی کنید ولی کلمه کلیدی geom=check را فراموش کرده‌اید. این خطا در انتهای فایل خروجی به‌صورت زیر ظاهر می‌شود.

Symbolic Z-matrix:
Charge = 0 Multiplicity = 1
End of file in ZSymb.
Error termination via Lnk1e in /disc30/g98/l101.exe.
Job cpu time: 0 days 0 hours 0 minutes 0.6 seconds.
File lengths (MBytes): RWF= 6 Int= 0 D2E= 0 Chk= 9 Scr= 1

رفع خطا:

برای رفع خطا باید مختصات ترکیب را در فایل ورودی پس از بار و چندگانگی قرار دهید (آشنایی با قالب فایل ورودی گوسین). درصورتی‌که قصد دارید مختصات ترکیب را از فایل check مرحله قبل بازیابی کنید. کلمه کلیدی geom=check را در خط دستور قرار دهید.

خطا در جستجوی خطی

Linear search skipped for unknown reason

این خطا هنگامی رخ می‌دهد که جستجوی خطی ساختار بهینه ناموفق باشد که معمولاً علت آن درست نبودن ماتریس هسی است. در این حالت شما در انتهای فایل خروجی با خطایی مشابه زیر مواجه خواهید شد.

RFO could not converge Lambda in 999 iterations.
Linear search skipped for unknown reason.
Error termination via Lnk1e in /disc30/g98/l103.exe.
Job cpu time: 0 days 7 hours 9 minutes 17.0 seconds.
File lengths (MBytes): RWF= 21 Int= 0 D2E= 0 Chk= 6 Scr= 1

رفع خطا:

بهینه‌سازی را با استفاده از کلمه کلیدی opt=calcFC ریستارت و یا تکرار کنید.

خطای کمبود حافظه

Out-of-memory error in routine

این خطا هنگامی رخ می‌دهد که نرم‌افزار به حافظه اصلی (رم) موردنیاز برای انجام محاسبه دسترسی نداشته باشد.

رفع خطا:

با استفاده از کلمه کلیدی mem% (به‌عنوان‌مثال mem=512MW% ) مقدار بیشتری رم به محاسبه اختصاص دهید. درصورتی‌که محاسبه مقداری بزرگ‌تر از حافظه سیستم شما طلب می‌کند، از تابع پایه کوچک‌تری استفاده کنید.

خطای عدم دسترسی به فایل اسکرچ

PGFIO/stdio: No such file or directory

نرم‌افزارهای محاسباتی مانند گوسین در هنگام انجام محاسبه فایل‌هایی موقتی روی سیستم ایجاد می‌کنند که به آن‌ها فایل اسکرچ (scratch) گفته می‌شود. هنگامی‌که گوسین قادر به ایجاد فایل اسکرچ برای انجام محاسبه نباشد، خطای زیر رخ می‌دهد:

PGFIO/stdio: No such file or directory
PGFIO-F-/OPEN/unit=11/error code returned by host stdio - 2.
File name = /scr/g09/Gau-12345.inp
In source file ml0.f, at line number 181
0 0x42bb41
Error: segmentation violation, address not mapped to object

رفع خطا:

ابتدا چک کنید که مسیر در نظر گرفته‌شده برای ذخیره فایل‌های اسکرچ وجود داشته باشد. (نام و مسیر فایل اسکرچ در خط سوم خطا نوشته‌شده است) در صورت عدم وجود مسیر ذکرشده پوشه و یا پوشه‌های مربوط به آن را ایجاد کنید. (برای ایجاد پوشه در محیط لینوکس از دستور mkdir استفاده کنید.) راه‌حل دیگر استفاده از متغیر محیطی GAUSS_SCRDIR برای تغییر مسیر ذخیره فایل‌های اسکرچ است. علاوه بر این ممکن است که مسیر فعلی موجود باشد ولی قابل رایت (writable) نباشد. در این صورت حتماً باید از متغیر GAUSS_SCRDIR استفاده کنید.

• قبلی
• بعدی