XCrySDen نرم افزاری برای ترسیم ساختارهای مولکولی و کریستالی است. با استفاده از این نرم افزار به سادگی می توان سطوح و کانتورهای مختلف را بر روی ساختارهای کریستالی سوار کرد و به صورت تعاملی تغییراتی در این سطوح داد. XCrySDen همچنین ابزارهایی برای آنالیز فضای reciprocal مانند انتخاب مسیرهای k در ناحیه برلیون برای رسم band-structure و ترسیم سطوح فرمی دارد.
openbabel بسته نرم افزاری قدرتمندی شامل ابزارهای متنوع برای کار با فایل های مختلف حاوی ساختار و اطلاعات شیمی و بیوشیمی است که امروزه مورد استفاده محققان زیادی قرار می گیرد.
این بسته امکان تبدیل فرمت، جستجو، آنالیز و ذخیره داده های مختلف مدلسازی مولکولی، شیمی، ساختارهای حالت جامد و بیوشیمی را فراهم می کند.
ویژگیهای کلیدی:
- توانایی خواندن، ساخت و تبدیل بیش از 110 فرمت مختلف از فایلهای ساختار و اطلاعات مولکولی
- جستجو و فیلتر کردن فایل های ساختار شیمیایی با روش های مختلف
- پشتیبانی از مدلسازی مولکولی، شیمی انفورماتیک و بیوشیمی انفورماتیک
Molekel نرم افزاری برای ترسیم ساختار و سطوح مختلف مولکولی است.
ویژگیهای کلیدی:
- نمایش سطوح مختلف مولکولی شامل: اوربیتال ها، سطوح همسطح از ماتریس چگالی، سطوح همسطح از داده های فایل gaussian cube، سطوح SAS , SES و سطوح واندروالس
- استفاده از روش های مختلف برای تسریع در ارائه نمایش ساختار و سطوح مولکولی
- ساخت انیمیشن از سطوح مولکولی و مدهای ارتعاشی
- ساخت تصاویر با کیفیت بالا 300+ DPI برای چاپ
- ساخت فایل postscript و pdf
Visual Molecular Dynamincs نرم افزاری برای نمایش، انیمیشن سازی و آنالیز ساختارهای بزرگ بیوشیمایی با استفاده از ابزارهای گرافیک 3 بعدی و زبانهای اسکریپت نویسی است. VMD بازه گسترده ای از نمایش های مولکولی، سبک های رنگ آمیزی و ... را فراهم می کند.
ویژگیهای کلیدی:
- نمایش تعاملی ( همزمان با انجام پروسه) ساختار مولکولی، خط سیر دینامیک مولکولی، توالی ها و نقشه های چگالی
- سهولت ساخت ساختار، آماده سازی شبیه سازی و آنالیز داده ها
- اجرای شبیه سازی دینامیک مولکولی به صورت تعاملی
- ابزارهایی برای ساخت انیمیشن
- قابلیت نمایش نتایج خروجی برنامه های CPMD، GAMESS، GAUSSIAN، ESPRESSO و سازگاری کامل با نرم افزار دینامیک مولکولی NAMD
Gabedit یک رابط گرافیکی برای برنامه های بسیاری از برنامه های شیمی محاسباتی مانند: GAMESS, Gaussian, Q-Chem, NWChem و ... است.
این نرم افزار از بازه بزرگی از فرمت فایل های ساختار مولکولی پشتیبانی می کند و توانایی نمایش نتایج محاسبات بسیاری از نرم افزارها را دارد. همچنین امکان رسم ساختار و ذخیره آن به فرمت های متفاوت وجود دارد.
ویژگیهای کلیدی:
- توانایی ساخت فایل ورودی برای بسیاری از نرم افزارهای محاسباتی شیمی
- توانایی نمایش نتایج محاسبات گوناگون نرم افزارهای محاسباتی شامل: ساختار مولکولی، اوربیتالهای مولکولی، سطح چگالی الکترون، پتانسیل های الکترو استاتیک و ...
- سبک ها مختلف نمایش برای سطوح مختلف مولکولی
- قابلیت ساخت انیمیشن از مدهای ارتعاشی، و انواع حرکت های مولکولی
- نمایش طیف های RAMAN, IR, UV/Vis
- ذخیره عکس با فرمت های گوناگون
- بهینه سازی ساختار با استفاده از روش MM و پارامترهای Amber 99
MacMolplt 7.5 نرم افزاری برای ترسیم ساختارهای مولکولی و مدهای ارتعاشی به صورت سه بعدی و ساخت فایل ورودی برای نرم افزار GAMESS است.
ویژگیهای کلیدی:
- توانایی خواندن فایل های ورودی و خروجی GAMESS و همچنین فایل های حاوی اطلاعات مختصات واکنش این نرم افزار، IRC و ِDRC
- توانایی خواندن ساختارهای مولکولی با فرمت های xyz, xmol, Molden, و MDL
- رسم نمودار انرژی و طیف های ارتعاشی IR و RAMAN
- ساخت انیمیشن از مدهای ارتعاشی نرمال و مختصات واکنش، و قابلیت ترکیب چندین فایل ساختار مولکولی برای ساخت انیمیشن
- پشتیبانی از گروه های نقطه ای مولکولی
- ساخت و اصلاح ساختارهای مولکولی با استفاده از ابزارهای گرافیکی، مختصات درونی یا مختصات کارتزین
- نمایش 3 بعدی اوربیتال ها و همچنین نمایش 2 بعدی اوربیتالها با استفاده از کانترمپ های چگالی الکترون
- ترسیم نقشه اختلاف چگالی و ترسیم نقشه پتانسیل الکترواستاتیک
- ساخت فایل ورودی برای نرم افزار محاسباتی GAMESS
GaussView نرم افزاری قدرتمند برای ساخت و ترسیم ساختارهای مولکولی و همچنین رابطی گرافیکی برای برنامه محاسباتی Gaussian است.
ویژگیهای کلیدی:
- پشتیبانی از فرمت های مختلف مانند: pdb، mol، mol2، cif، cub، chk، fch
- ساخت فایل ورودی برای نرم افزار gaussian و امکان شروع محاسبه از داخل برنامه
- ساخت مختصات مولکول با استفاده از ابزارهای گرافیکی و ویرایش مختصات درونی ساختار
- نمایش مدهای ارتعاشی و اوربیتالهای مولکولی
- نمایش مسیر واکنش و رسم نمودار انرژی آن
- امکان نمایش همزمان چندین ساختار مولکولی
- اعمال سطوح مختلف روی ساختار برای انجام محاسبات ONIOM
- ایجاد ساختارهای بلوری به صورت خودکار
Matlab یک زبان برنامه نویسی سطح بالا و محیط نرم افزاری تعاملی برای انجام محاسبات عددی برنامه نویسی و نمایش نتایج به صورت گرافیکی است. با استفاده از این نرم افزار می توان آنالیز داده ها، توسعه الگوریتم ها، ساخت مدل ها و برنامه های کاربردی را انجام داد. مجموعه زبان، ابزارها، و توابع ریاضی داخلی شما را قادر می سازد که راه های مختلف برای رسیدن به جواب مسائل را بسیار سریعتر از نرم افزارهای صفحه گسترده و زبانهای سنتی برنامه نویسی مانند سی یا جاوا بیابید.
Multiwfn نرم افزاری قدرتمند برای آنالیز تابع موج است که تقریبا قادر به انجام تمامی آنالیزهای مهم تابع موج (بجز NBO) است.
ویژگیهای کلیدی:
- توانایی خواندن تابع موج از انواع فایلها ورودی مانند wfn، wfx، fch، NBO plotfile، Molden input file و خواندی ساختار فایل از فایل های pdb، xyz، DMOL3، grd، gaussian cub
- آنالیز توپولوژی برای چگالی الکترون (آنالیز AIM)
- آنالیز جمعیت با استفاده از روشهای مختلف: Hirshfeid، VDD، Muliken، Luwdin، Modified MPA و ...
- آنالیز مرتبه پیوند با استفاده از نظریه های مختلف: Mayer bond order، multi-center bond order و ...
- رسم طیف های UV-vis/ECP، RAMAN، IR، VCD
- محاسبه بسیاری از پارامترهای قابل استخراج از توابع موج مانند حجم واندروالس و
- محاسبه بسیاری از اندیس های مجازی وابسته به تابع موج مانند اندیس های آروماتیسته، HOMA، و ...
- نمایش ساختار مولکولی و اوربیتالها، MO, NBO, natural orbitals، و ...
- نمایش مستقیم نتایج به صورت ساختار سه بعدی، گراف و نمودار
