معرفی نرم افزار MacMolplt

توضیحات

منتشر شده در دوشنبه, 22 ارديبهشت 1393 18:55

نوشته شده توسط حسین حجی آبادی

بازدید: 6651

MacMolplt 7.5 نرم افزاری برای ترسیم ساختارهای مولکولی و مدهای ارتعاشی به صورت سه بعدی و ساخت فایل ورودی برای نرم افزار GAMESS است.

ویژگیهای کلیدی: 

- توانایی خواندن فایل های ورودی و خروجی GAMESS و همچنین فایل های حاوی اطلاعات مختصات واکنش این نرم افزار، IRC و ِDRC

- توانایی خواندن ساختارهای مولکولی با فرمت های xyz, xmol, Molden, و MDL

 - رسم نمودار انرژی و طیف های ارتعاشی IR و RAMAN

 - ساخت انیمیشن از مدهای ارتعاشی نرمال و مختصات واکنش، و قابلیت ترکیب چندین فایل ساختار مولکولی برای ساخت انیمیشن

- پشتیبانی از گروه های نقطه ای مولکولی

 - ساخت و اصلاح ساختارهای مولکولی با استفاده از ابزارهای گرافیکی، مختصات درونی یا مختصات کارتزین

  -  نمایش 3 بعدی اوربیتال ها  و همچنین نمایش 2 بعدی اوربیتالها با استفاده از کانترمپ های چگالی الکترون

 - ترسیم نقشه اختلاف چگالی و ترسیم نقشه پتانسیل الکترواستاتیک

 - ساخت فایل ورودی برای نرم افزار محاسباتی GAMESS

معرفی نرم افزار Gaussview

توضیحات

منتشر شده در دوشنبه, 22 ارديبهشت 1393 18:55

نوشته شده توسط حسین حجی آبادی

بازدید: 8909

GaussView نرم افزاری قدرتمند برای ساخت و ترسیم ساختارهای مولکولی و همچنین رابطی گرافیکی برای برنامه محاسباتی Gaussian است.

ویژگیهای کلیدی:

- پشتیبانی از فرمت های مختلف مانند: pdb، mol، mol2، cif، cub، chk، fch

- ساخت فایل ورودی برای نرم افزار gaussian و امکان شروع محاسبه از داخل برنامه

- ساخت مختصات مولکول با استفاده از ابزارهای گرافیکی و ویرایش مختصات درونی ساختار

- نمایش مدهای ارتعاشی و اوربیتالهای مولکولی

- نمایش مسیر واکنش و رسم نمودار انرژی آن

- امکان نمایش همزمان چندین ساختار مولکولی 

- اعمال سطوح مختلف روی ساختار برای انجام محاسبات ONIOM

- ایجاد ساختارهای بلوری به صورت خودکار

معرفی نرم افزار Matlab

توضیحات

منتشر شده در دوشنبه, 22 ارديبهشت 1393 14:47

نوشته شده توسط حسین حجی آبادی

بازدید: 9461

Matlab یک زبان برنامه نویسی سطح بالا و محیط نرم افزاری تعاملی برای انجام محاسبات عددی برنامه نویسی و نمایش نتایج به صورت گرافیکی است. با استفاده از  این نرم افزار می توان  آنالیز داده ها، توسعه الگوریتم ها، ساخت مدل ها و برنامه های کاربردی را انجام داد. مجموعه زبان، ابزارها، و توابع ریاضی داخلی شما را قادر می سازد که راه های مختلف برای رسیدن به جواب مسائل را بسیار سریعتر از نرم افزارهای صفحه گسترده و زبانهای سنتی برنامه نویسی مانند سی یا جاوا بیابید.

معرفی نرم افزار Multiwfn

توضیحات

منتشر شده در دوشنبه, 22 ارديبهشت 1393 14:46

نوشته شده توسط حسین حجی آبادی

بازدید: 8192

Multiwfn نرم افزاری قدرتمند برای آنالیز تابع موج است که تقریبا قادر به انجام تمامی آنالیزهای مهم تابع موج (بجز NBO) است.

ویژگیهای کلیدی:

- توانایی خواندن تابع موج از انواع فایلها ورودی مانند wfn، wfx، fch، NBO plotfile، Molden input file و خواندی ساختار فایل از فایل های pdb، xyz، DMOL3، grd، gaussian cub

- آنالیز توپولوژی برای چگالی الکترون (آنالیز AIM)

- آنالیز جمعیت با استفاده از روشهای مختلف: Hirshfeid، VDD، Muliken، Luwdin، Modified MPA و ...

- آنالیز مرتبه پیوند با استفاده از نظریه های مختلف: Mayer bond order، multi-center bond order و ...

- رسم طیف های UV-vis/ECP، RAMAN، IR، VCD

- محاسبه بسیاری از پارامترهای قابل استخراج از توابع موج مانند حجم واندروالس و 

- محاسبه بسیاری از اندیس های مجازی وابسته به تابع موج مانند اندیس های آروماتیسته، HOMA، و ...

- نمایش ساختار مولکولی و اوربیتالها، MO, NBO, natural orbitals، و ...

- نمایش مستقیم نتایج به صورت ساختار سه بعدی، گراف و نمودار

معرفی نرم افزار SAPT

توضیحات

منتشر شده در دوشنبه, 22 ارديبهشت 1393 14:46

نوشته شده توسط حسین حجی آبادی

بازدید: 6582

Symmetry-Adapted Perturbation Theory بسته نرم افزاری برای آنالیز برهمکنش های بین مولکولی با استفاده از نظریه اختلال سازگار با تقارن است. بر اساس نظریه SAPT انرژی برهمکنش به صورت مجموعه ای از تصحیحات قابل اختلال توصیف می شود و تجزیه انرژی برهمکنش به مؤلفه های فیزیکی سازنده آن ویژگی منحصر به فرد SAPT است.  این نرم افزار کاربرد بسیار زیادی در مطالعه نیروهای بین مولکولی دارد.

ویژگیهای کلیدی:

- تجزیه انرژی برهمکنش بین مولکولی به مؤلفه فیزیکی سازنده آن

- آنالیز برهمکنش بین دیمرها و تری مر ها